Jalil Lespert es hijo del actor Jean Lespert, nacido en 1942 en Rosny-sous-Bois, y de Farida Azi, abogada de origen argelino nacida en 1948 en Palestro (hoy Lakhdaria), en Argelia. Es el hermano mayor del actor Yaniss Lespert.
Impulsado por su madre, abogada, Jalil Lespert empezó a estudiar Derecho, pero cambió de opinión cuando, en 1995, Laurent Cantet se fijó en él y le eligió junto a su padre para el cortometraje Jeux de Plage. Posteriormente, el joven actor se reunió con el director para rodar la película para televisión Les Sanguinaires en 1997. Dos años más tarde, Laurent Cantet le ofreció un nuevo papel, esta vez en el cine, en la película Ressources Humaines. Gracias al papel de Franck, se reveló al gran público y ganó el César al mejor actor masculino en 2001. En 2003, ganó el premio al mejor actor revelación en el Festival de Cine de Cabourg por su papel en Vivre me tue de Jean. - Pierre Sinapi. A partir de entonces, el actor rodó una serie de películas (Pas sur la bouche, Le Promeneur du Champ-de-Mars, Virgil, Le petit Lieutenant…).
Jalil Lespert también destaca como director. En 2007 se puso detrás de la cámara y firmó el largometraje 24 medidas. Unos años más tarde repitió experiencia con la adaptación de la novela Vientos contrarios, que tuvo una buena acogida. En 2014, coescribió y dirigió la película biográfica dedicada a Yves Saint-Laurent, interpretado por Pierre Niney. En 2015 se unió al equipo de realización de la serie Versailles, transmitida por Canal+, que fue un gran éxito. Continuó al año siguiente con la producción del largometraje Iris que también protagonizó. Desde entonces, Jalil Lespert alterna su carrera como director y la de actor. En 2020 protagonizó La terre des hommes de Noël Marandin y L’Enfant rêve de Raphaël Jacoulot.
En el plano privado, Jalil Lespert comparte la vida de Sonia Rolland desde 2009. La pareja tiene una hija, Kahina, nacida en noviembre de 2010. De su unión con la actriz Bérangère Allaux, el actor tiene dos hijos, un niño llamado Aliosha y una hija, Gena. En octubre de 2018 anunció en redes sociales que se separaba de Sonia Rolland. El 15 de diciembre de 2020 formalizó su relación con la viuda de Johnny Hallyday, Laeticia, en Instagram. Jalil Lespert es el embajador de la ONG Plan Internacional (derechos de los niños en los países en desarrollo). En 2016, Jalil Lespert fue miembro del jurado del Festival de Cine Británico de Dinard 2016.