Jalil Lespert è figlio dell'attore Jean Lespert, nato nel 1942 a Rosny-sous-Bois, e Farida Azi, avvocato di origine algerina nata nel 1948 a Palestro (oggi Lakhdaria), in Algeria. È il fratello maggiore dell'attore Yaniss Lespert.
Spinto da sua madre, avvocato, Jalil Lespert iniziò a studiare legge, ma cambiò idea quando nel 1995 Laurent Cantet lo notò e lo ingaggiò con suo padre nel cortometraggio Jeux de Plage. Successivamente, il giovane attore si è riunito con il regista per girare il film televisivo Les Sanguinaires nel 1997. Due anni dopo, Laurent Cantet gli ha offerto un nuovo ruolo, questa volta al cinema, nel film Ressources Humaines. Grazie al ruolo di Franck, si rivela al grande pubblico e vince il César come miglior attore maschile nel 2001. Nel 2003, vince il premio come miglior attore esordiente al Festival di Cabourg per il suo ruolo in Vivre me tue di Jean -Pierre Sinapi. Da allora in poi, l'attore ha realizzato una serie di film (Pas sur la bouche, Le Promeneur du Champ-de-Mars, Virgil, Le petit Lieutenant...).
Jalil Lespert si distingue anche come regista. Nel 2007 si sposta dietro la macchina da presa e firma il lungometraggio 24 misure. Qualche anno dopo, ripete l'esperienza con l'adattamento del romanzo Venti contrari, che riceve una buona accoglienza. Nel 2014, ha co-scritto e diretto il film biografico dedicato a Yves Saint-Laurent, interpretato da Pierre Niney. Nel 2015 entra a far parte del team dei registi della serie Versailles, trasmessa su Canal+, che ha riscosso un grande successo. Prosegue l'anno successivo con la produzione del lungometraggio Iris di cui è anche protagonista. Da allora, Jalil Lespert ha alternato la carriera di regista a quella di attore. Nel 2020, ha recitato in La terre des hommes di Noël Marandin e L’Enfant rêve di Raphaël Jacoulot.
Nel privato, Jalil Lespert condivide la vita di Sonia Rolland dal 2009. La coppia ha una figlia, Kahina, nata nel novembre 2010. Dalla sua unione con l'attrice Bérangère Allaux, l'attore ha due figli, un maschio di nome Aliosha e una figlia, Gena. Nell'ottobre 2018 ha annunciato sui social la separazione da Sonia Rolland. Il 15 dicembre 2020 ha ufficializzato su Instagram la sua relazione con la vedova di Johnny Hallyday, Laeticia. Jalil Lespert è l'ambasciatore della ONG Plan International (diritti dei bambini nei paesi in via di sviluppo). Nel 2016, Jalil Lespert è stato membro della giuria del Dinard British Film Festival 2016.
